在长期的业务经营活动过程中，山西票号形成了自己的一套会计方法，以有效地加强票号业务的管理。这套会计方法包括以下内容：
票号的账簿组织体系以中国传统的账簿组织体系“三账”为骨干。“三账”是指“草流”（也称作底账）、“流水簿”和“总清账”（也称作老账）三种账簿。“草流”用于营业时赶急暂记，起原始凭证的作用；“流水簿”用于整理账目，具有日记账的专门作用，一般于当日晚间由“草流”整理记入；“总清账”用于分类核算，相当于我们现在的总账，根据“流水簿”按旬定期登录。
按照账簿的作用和登记内容，票号的账簿组织可以划分为基础账簿、业务账簿、结算账簿，以及辅助账簿四种类型：
（1）基础账簿即前述三账。三账所提供的资料，是票号账房核算的基本资料，其他各账记录均以此作为基础。
（2）业务账簿包括业务分类账和往来总账。业务分类账有汇兑账（专门用于登记往来汇兑事项）、存款账（专门用于登记客户的存款）、浮账支出（专门用于登记客户活期存款所发生的支出）和放款账（专门用于记录对各客户的放款）；往来总账，包括专门用于反映分号票庄往来汇兑账目的“各地往来总账”和专门用于记载与本埠钱庄、商家往来账目的“本埠往来总账”两种。这两个部分既是票号账房反映、控制整个业务经营活动过程的重要账簿，也是票号核算、审查的重点。
（3）结算账簿包括月清和年总两种，可以以此代替红账，向财东和股东报告账目，也可以以此为依据抄录红账，编制出正式的会计报告。
（4）辅助账簿是服务性质的账簿，它服务于盈利分配和经营管理的需要，主要包括：用于记录创办票号的合同、协议，以及各年股利分配情况的万金账；用于登记各分号伙友返乡探亲的行李、路费等方面的路居账；专门记录票号伙友入号时的保单，作为违章责罚伙友依据的保荐账；以及专门用于记录票号员工违犯共同遵守的规则所遭受的经济惩罚的规账。
在票号所运用的账簿组织体系中，基础账簿和结算账簿为各业通用账簿，它具有全面控制作用。业务账簿则体现了票号的专业特点，起分类控制作用。尤其是通过这类账簿设置，加强了对往来账项的管理，保证了票号业务经营活动的正常开展。辅助账簿不仅起着补充作用，而且把对经营活动的控制同对人身的控制结合起来。
第一种是“以现金为主体的单式收付记账法”，是对日常的会计记录，以“收、支（付）”作为记账符号，而在月结，季结、年结和会计报告编报方面则多以“入、出”作为集合账目的标志。
