晋商的人本思想最突出的表现在晋商企业管理制度方面。
晋商的“人身股制度”，即“有钱出钱，有力出力，出钱者为东家，出力者为伙计，东伙共商之”的财股、人股合营制度，充分体现了其对人的才能的重视，并且把它提高到了与财力同等的地位，在晋商发展的后期，由于长期积累，其人股超过身股的商号比比皆是。不仅聘请掌柜时赋予身股，鼓励其把商号当成自己的产业来经营，而且对表现出色的员工，也要按其贡献大小，每年增加不同的股份。通过人力股的方式来充分调动上下员工的积极性，团结全体人员的力量，让大家劲往一处使，心往一处想，于是无往而不利。
在晋商的人身股制度中，还有一个比较特殊，但更能体现其人本管理思想的例子，那就是大盛魁的纯粹人力股合营的模式。
著名的大盛魁商号，是由三个穷苦的扁担小商太谷王相卿、祁县张杰、史大学以“桃源三结义”的方式创办的。经过三人艰苦的经营，大盛魁终于发展成一个垄断蒙俄贸易的头号大商号。但是在大盛魁经营发展的二百多年间，一直没有吸收过财股，其组织形式始终是三个人的“人力合伙”，因此可以说大盛魁的壮大全凭人力而为，一点不为过。
大盛魁还有一点与众不同之处，就是它没有其它商号那样的“东家”，更没有经理受东家聘任一说。大盛魁的历任经理都是在号内选拔贤能者担任，号内上下人等以创业的王、张、史三人义结金兰为榜样，齐心协力团结奋进，把繁杂的各路业务活动管理得井井有条。虽然大盛魁经营活动的区域分布很广，从归化到库伦、恰克图，到科布多、乌里雅苏台，都在千里、数千里外，还有分布在内地京、津、沪、杭、晋、冀、鲁、豫、湖、广等地的分支机构、小号及坐庄人员，相距更有万里之遥；它的从业人员，包括放牧骆驼、马匹、羊群的牧工在内，约有六七千人之众，但在二百多年间，大盛魁内部始终具有很强的凝聚力，即使在千里万里之外，在各路掌柜的率领下，员工们始终克勤、敬业、吃苦耐劳、忠诚不二[22]。
晋商企业的治理机制是两权分离的“委托－代理”制度，这种代理制度讲究的是东家把商号的所有权利都交给掌柜的，所有财产、人员的调度，营业方针的确定，全凭掌柜的来定夺，东家不仅毫不过问，还有一些列限制东家干预号事的详细规定，留给东家的事情惟有几年一度的账期时，掌柜的与东家报告财务，结算盈亏。对东家来说，谓之“用人不疑，用人不疑”；对掌柜的来说，谓之“受人之托，忠人之事”。
