随着晋商活动的扩展，晋商会馆不断发展，“据不完全统计，晋商除在京师设立了许多会馆外，又先后在天津、山东聊城、馆陶恩县、东阿、济南、上海、江苏扬州、江苏南京、江苏苏州、江苏盛泽大馆圩、江苏盛泽西杨圩、江苏镇江、湖北汉口、湖北锺祥、湖北当阳、湖北郧西、湖北随州、湖北江陵、湖北公安、湖北沙市、浙江杭州、河南浙川、河南舜阳、河南洛阳、河南开封、河南赊旗、广东佛山、广东广州、湖南长沙、湖南湘潭、广西南宁、青海西宁、新疆巴里坤、安徽芜湖、安徽涡阳、吉林、沈阳、重庆、四川成都、四川灌县、福建福州、内蒙多伦诺尔等地设有会馆，清代晋商会馆几乎遍布全国各行省、商埠。”

从各地晋商行会的名称看，可以分两类，一类是以籍贯形成，因为经商在外，远离家乡和亲人，必须相互关心，团结一致，以防御外人欺侮，并顺利从事商业活动；一类是以职业为纽带形成的行会，以所崇拜之神名命名或以职业命名、以吉祥词语命名、以信义气命名。清代归化城按行业组成的商会有39个，按籍贯组成的有13个。

晋商行会多有自己行业所崇祀的偶像，如牲畜行崇祀马王，酒饭行供李白、杜康，铁行供祀君，纸行供蔡伦，理发行供罗祖，油漆裱糊行供吴道子，修鞋行供孙膑，肉行供张飞，票号供金花圣母，银钱行供金龙四大王等等，以其作为联结的纽带或精神支柱，但是没有一个商会不祀奉关帝，关帝是晋商共同崇拜的偶像，他们一般都在关帝庙开会议事，是晋商行会的办公场所。

河南舞阳北舞渡山西会馆有一块《创建戏楼碑记》说出了山西商人敬奉关羽的原因，原碑记称：“山左有孔子道德高于万山，世人重其文也，然有文以为之经，必有武以为之纬。惟我关羽生于山右，仕于汉朝，功略盖天地，神武冠三军，尤可称秉烛达旦，大节垂于史册，淘足媲美孔子，躬当武夫子称，护国佑民，由中达外，至今普天有血气者，莫不尊亲，三晋商贾贸易□□上者夙托神庇无往不利，思仰答于万一弗□祀像以表诚前（以下字不清）雍正八年十月中浣”。北京临襄会馆“祭祀条规”可以看出祭祀行会信仰的多元性。

北京的临襄会馆祭祀条规：

正月初二日，祭财神。

三月十五日，恭祭玄坛圣诞。

五月十三日，恭祭关帝圣诞。

六月二十二日、二十三日恭祭马王圣诞、火帝圣诞。

七月初一日，恭祭酱祖、醋姑。

七月二十二日，恭祭财神圣诞。

八月十八日，恭祭酒仙圣诞。

九月十八日，恭祭财神。

十月一日，条神。

每岁阴历年终除夕日，恭祭列位圣神

1903年（光绪二九年），清政府设置“商部”，并颁布了《商会简事》。1007年（光绪三十三年）清政府在京师设商务总会，各省设立分会，各地相继设立了专门领导各“行业”或“同业工会”的半官方机构——商会，谓“商业公所”、“商务工会”、“商务公所”。至此，全国统一的商会名称逐渐遍及全国各行业。1915年北洋政府颁布了《商会法》。 1929年民国政府颁布了《工商同业工会法》，此法规定各行业的“行会”、“公所”、“会馆”等均在本法公布之日起改为“同业工会”’，归当地商会组织领导。