晋商行会，有单会（社）和联会（社）之分，单会（社）是单一行业组织，称为“小行”或“行”，独立活动。联会（社）是若干会（社）联合成一个联合体，有共同的会首与办事机构，管理共同的事务，称为“大行”。
“小行”的参加人，多数是不分师傅或徒弟，资方或劳方共同参加；少数是单纯资方或单纯劳方组成的。归化城的鲁班社是劳资合作性的，师徒都可以参加，店主与伙计在一社之内，关系良好，同心协力。也有的劳资合作社逐渐发生变化，改为分设，如内蒙古萨拉齐的义合社是劳资协同的，但1829年（道光九年）左右劳资分立，资方组成了纸房社，劳方组成了公义社，仍然关系良好，同在一地办公，常常经过协商发布统一的公告，维系他们的业务关系。 “小行”的会首也称执事，一正一副，或一正二副，另有干事一名，称跑庙，处理会内事务。有的小行，还置有“义地”或叫“香粮地”，出租给当地农民，其收入为行会经费，该义地还作为会内成员死亡后的公用墓地。行会收入除“香粮地”收入外，还有各商号捐助，捐助金额按各号资本大小和业务情况而定。支出主要是看库人员（和尚、道主）生活费用，及行会办事支出。这些资金在已收未支之前也常存入商号、钱庄生息，财务公开。
“大行”会首一正一副，为大行的总管，由各“小行’会首轮流义务担任，其威信资格不是以个人能力来决定，而是由所在的“小行”的地位决定。每年春季庙会，改选大行会首，任期一般为一年。归化城的“大行”为十二行的联合体，清雍正年以前成立，到乾隆末年，已成为十五社联合体，清末改称商务公所，人们习惯上仍称呼其为“大行”。“大行”会首之下，还有若干办事人员，处理会内事务。清末，有些大行还有自己的武装卫队，也称商团。它们除处理商务活动以外，甚至协助地方政府，“巡查弹压，拘捕人犯”。“包头长久以来，一直是由关帝庙的‘大行’和东河的‘农圃社’利用‘死人沟’的‘梁山’来维持市面”。著名的大盛魁商号末任经理段敬斋，当了归化城的商务会长后又兼保商团团长，其保商团下属两个团，一个蒙人骑兵团，一个汉人骑兵团。徐沟商人张联辉商于河南陈州，当捻军活动逼近陈州时，他在行会内动员商人捐资，组织军队，协助清政府正规部队作战，曾被清廷赏赐蓝翎，并授都司军职。
晋商行会的目标，可以从北京的山西票号商人行会章程中得到解释：“商会之设，原所以联络同业情谊，广通声息。中华商情向称散涣，不过同业争利而已。殊不知一人智慧无多，纵能争利亦属无几何，不务其大者而为之。若能时相聚议，各抒所见，必能得巧机关，以获厚利。即或一人力所不及，彼此信义相孚。不难通力合作，以收集思广益之效。兹定于每月初一、十五两日为大会之期，准于上午十一钟聚会，下午一钟散会，同业各家执事齐集到会，或有益于商务者，或有病于商务者，即可公平定议，禀请大部核夺施行。如同业中有重要事宜，尽可由该号将情告知商会董事，派发传单随时定期集议。”
