山西货币商人在金融企业风险控制方面，开创了中国历史甚至世界金融史上的范例。商人资本在经营活动中常常会遇到各种不同风险，发生亏赔倒帐问题，不仅会影响利润，甚至还会危及资本安全，货币商人更担心因信用危机而危及自已的存亡。为了防御风险，山西商人设计了多种防范机制。
首先是为了保证资本金的充足率，晋商金融机构实行本家族或者亲朋好友股份合作投资，资本金根据投资人的经济实力与意愿确定股份多少，作为股东，经营成果按照股份多寡承担风险和享有收益，创造了中国最早的股权融资制度。企业的成立，股东不直接经营，聘请可靠的有经营能力的人为大掌柜（总经理），授以经营管理企业的全权。股东与家属回避，建立完全的委托代理机制。金融企业的总号设在山西本地，分支机构遍布全国各地以致国外。实行统一制度、统一管理、统一核算，统一资金调度。总号对分号的考核，以“结利疲账定功过”，但以不对它号造成损失为原则，否则给予处罚。如山西票号总号先后43家，下辖分号共560家。[31]所有分号的开立、经营、人员配置、资金、收益等都归总号管理，总号与分号、分号与分号之间，以“正报、附报、行市、叙事报”等方式互通信息，并采取“酌赢济虚、抽疲转快”的办法相互接济。将企业内的管理层职工和业务骨干，按其职责、能力和贡献大小确定“人身股”多寡，作为人力资本，与财东的货币资本股一起参与利润分配，调动职员的积极性。资本金在企业成立时一次交足，每股多少两白银，各个人股份若干，订立合约，载入“万金账”，列为“正本”；另立“护本”，也叫“护本”或者“培股”，资金来源是在企业利润分红后，按股东股份比例（包括实物资本股和人身股），提取一部分红利留在企业参加周转使用，这部分资金仍归个人所有，只付给利息不分红，借以扩大经营中的流动资本，实质是建立风险基金，保证了票号的资本充足率。东家与顶有人身股的职员共同承担风险，东家是无限责任，承担亏赔全部风险，职员是承担有限责任，以所提副本为限。
一些票号原来的资本并不多，但由于提取“护本”较多，有时副本比正本还要多出几倍。如大德通票号在1884年（光绪十年）改组时，由在中堂、保和堂、保元堂、既翁堂、九德堂这5家股东投资，每股5000两，货币资本股20股，合计正本资本10万两，历年倍本情况是：1892年（光绪十八年）每股倍本1500两，共倍本30000两，正本副本共计13万两；1896年（光绪二十二年）每股倍本500两，共倍本10000两，正本副本共计14万两；1900年（光绪二十六年）每股倍本1000两，共倍本20000两，正本副本共计16万两；1904年（光绪三十年）每股倍本1000两，共倍本20000两，正本副本共计18万两；1908年（光绪三十四年）每股倍本2000两，共倍本40000两，正本副本共计22万两，加上人力股倍本23650两，当时大德通票号实际资本达到25万两。[32]有的票号改组新增资本时，不仅需要加入正本，还要加入护本。1830年（光绪九年）天成亨票号改组，增资扩股，“将旧号之俸（股），归并入于新号，共作银股十俸”，新股每股5000两为1俸，“每俸随护本足纹银二千两……。至于人力，每俸亦随护身足纹银六百两。”[33]“护本”的名称比较多，有“获本”、“倍本”、“积金“、“备防”、“伙友护身”，还有的以另一堂名作为“统事”存入。日升昌票号的“统事”有200多万两，它是东家在大帐期所分红利未提，作为“统事”存放在号中的。以“统事”名义存入的资金，一旦发生亏赔，用于冲抵损失，如没有冲抵亏赔，其所得利息由东家与伙友共享，如果东家没有提取的红利不是存入“统事”而是号中普通存款，其存款利息归东家独享，伙友不得分肥。凡是进入票号的资本，不管哪种形式的资本，任何人不得抽走。晋商金融企业的资本金管理的副本设置，相当于国际巴塞尔银行监管委员会2007年1月1日开始施行的新资本协议规定的经济性资本是一样，也比国际新定标准早了几百年。山西货币商人的风险控制办法与整个晋商企业的治理机制是基本一致的，在后面第四章晋商的企业管理部分将具体分析。
