实行联号制的商号或票号，其组织架构分为两层，一是总号决策层与管理层，二是分号管理层。

总号决策层与管理层。总号基本都设在投资者聚集地的县城内，如太谷、祁县、平遥等县城，其号内职务的设置，各商号大体相似。一般设大掌柜（总经理）1人，为全号之领袖，有总理全号内外事务之权；二掌柜1人，辅助大掌柜总理全号事务，负督促全号人员勤怠之责，故各伙友对于二掌柜，常常较大掌柜尤为畏惧；三掌柜1人，辅助二掌柜督促全号伙友，负柜台上接待顾客之责；管账先生1人，管账与文牍皆称先生，冠之以姓氏，而不称掌柜，负责总理全号账目，负银钱出纳之责；副管账1员，辅助管账经管账目；帮账2员，受副管账指挥，助理各项帐簿；帮账职务多由入号一年以上之伙友充任，藉以练习，故无定员；文牍先生1员，文牍先生地位较为清高，犹如号中客卿，大掌柜对之亦很客气，故各票号多聘用科甲中人，办理号中对外文件；录信员2员，亦系练习伙友充任，无定员，誊写号中来往文件；正跑街1员，俗称上街头，负上市接洽存放款及一切银钱往来之责；副跑街1－3员，辅助正跑街办理一切上市业务；练习跑街数员，以入号半年以上伙友充任；坐掌柜1员，俗称拦柜头，负管理门市部之责。[10]

分号管理层。分号的设置，则根据业务发展的需要，随时择地而设。分号人员由总号统一派出，由总号大掌柜根据业务需要，选择分号经理，并为之配备相应人员。分号管理层的人员及职位设置，虽然各地业务繁简不同，分号人员数额有多有少，但是内部分科负责者，则大致相同。业务较繁各分号，亦不过在负责人员外，多加一二个助员而已。一般是：掌柜1人，总理分号中一切事务；管账1人，总理分号中账目，并负银钱出纳之责；司信1人，办理分号中文书，并须通告各埠连号金融市况之责；二掌柜1人，负上市接洽业务之责。[11]除此之外，各地分号常常有在总号练习尚未足期，派在分庄补习的人员。但是有些地方情形特别，内部组织较庞大，比如各票号驻北京分号，大都人数较多，有的与总号不相上下。如清朝末年上海分号的人员安排情形大体是：正掌柜1人，副掌柜1人，外账房2人，内账房2人，跑市2人，跑街4人，招待2人，管银1人，小伙2人，司务8人。[12]

联号制实行总号对分号的集中管理，从分号的开立、经营、人员配置、资金、收益等都归总号调度，实行统一制度、统一管理、统一核算，统一资金调度。总号对分号的控制，一是考核制度；二是报告制度。总号对分号的考核，以“结利疲帐定功过”，且以不对总号造成损失为原则，否则给予处罚。报告制度为口头报告与书面报告两种。

口头报告。票号成规，在总号或者在各个分号，每天晚上营业终了，职员和管理部门负责人都必须向自己的主管当面口头汇报当天自己所办业务的情况，并且聆听主管对明天的安排。管理层则要综合情况，口头（在总号或者分号内）或写信书面（外地）向总号汇报情况，以便上级及时掌握业务动态，作出第二天或者近期业务安排。另一种口头汇报是在大掌柜按例巡视各分号时(每年一至二次)的当面汇报，或者下班休假回到总号时，必须直接到大掌柜办公室当面汇报情况，不得先回家再返总号汇报，否则不仅有贻误时机之虞，且有经济舞弊之嫌。